Nel suo libretto datato 20 giugno 1606, destinato agli studenti dei suoi corsi di crittografia, Pietro Partenio presenta diverse cifre composte in genere da un nomenclatore seguito da una qualche forma di sovracifratura. In questa prima cifra la sovracifratura viene fatta con una trasposizione, cosa insolita per quei tempi, e potrebbe essere la prima di questo genere, entrato in uso solo nel XIX secolo*. Oggigiorno alternare sostituzioni e trasposizioni è la regola per cifre come Feistel, DES ed AES, ma queste sono cifre progettate per essere eseguite da un computer, non da esseri umani.
E per esseri umani, in particolare per i segretari del XVII secolo, la procedura di cifra risultò probabilmente troppo complicata e facile all'errore; e tra le carte dell'archivio veneziano non ho trovato un solo dispaccio diplomatico o militare che usi questa cifra, che resta comunque interessante dal punto di vista teorico.
Il nomenclatore di base è il classico nomenclatore con alfabeto, sillabario e dizionario; ogni cifra è composta da una coppia di lettere come as ap; essendo allora l'alfabeto di 20 lettere, si hanno a disposizione 400 cifre possibili, e quindi un nomenclatore abbastanza corposo (vedi sotto). Non ci sono omofoni o nulle, coerentemente con quanto affermato da Partenio in una sua memoria, che omofoni e nulle sono inutili perché i segretari non essendovi obbligati non li usano o li usano male.
La sovracifratura avviene per mezzo di un versetto da ritenere a memoria; Si scrive il versetto senza spazi e raggruppato per 10 lettere; quindi si scrivono numeri da 0 a 9, sotto le lettere con questo criterio, in ogni blocco da 10 prima si segnano le a, se ce ne sono, cominciando con uno 0* poi si segnano ordinatamente le b, le c e così via, fino a scrivere 10 numeri sotto le dieci lettere; si continua così sotto il secondo blocco da 10, e via di seguito fino alla fine del messaggio.
I numeri così scritti rappresentano la chiave di trasposizione: ora infatti non resta che scrivere le lettere del cifrato seguendo i numeri, come nell'esempio a destra.
A destra appare l'esempio presentato da Partenio nel suo libro; il messaggio è: "Il Turco arma molte galee dubito per Candia", e il versetto è Lex tua meditatio mea uoluntas tua cordi meo est. Entrambi possono essere modificati nelle finestre in alto a destra.
Nel riquadro a destra in alto vengono mostrati i singoli passi della cifratura: sostituzione con nomenclatore, numeri e trasposizione.
Nel riquadro a destra in basso si può decifrare un qualsiasi cifrato; per esempio copiando e incollando il cifrato ottenuto sopra, si può eseguire la procedura inversa: trasposizione inversa, decifra con il nomenclatore.