A livello di crittografia professionale la cifratura per polifoni è rara ma il Meister ne cita diversi esempi nel suo libro sulle cifre pontificie; quella che segue è tratta in realtà dal trattato sulle cifre di Matteo Argenti, che la attribuisce a Giovan Battista Argenti, suo zio.
La seguente cifra dimandatami da Monsignor Illmo et Revmo Cardinal Savello per dare all'Inquisitore che va a Malta in loco di Monsignor Costa quale torna. Data die 5. Novembris 1585, prevede anche l'uso di nulle e di un repertorio, come da tabella seguente (incompleta, del repertorio sono dati solo i primi termini):
| a t | e f | i g | o d | u b | c l n | m r | p s z | nulle |
| 0 | 3 | 5 | 4 | 2 | 6 | 9 | 7 | 1 8 |
| qua | que | qui | quo | che | chi | non | quando | perché per & |
| $\dot{7}$ | $\dot{9}$ | $\dot{6}$ | $\dot{2}$ | $ \dot{4}$ | $ \dot{5}$ | $ \dot{3}$ | $ \dot{0}$ | Ҹ |
| Il Papa Nostro Sigre Sua Santità | 2.7 | Il Re di Spagnia Sua Mtà Cathca 3.0 | Il Duca di Venetia | 3.4
| La Signia di Genoua | 3.5
| Il Re Francia | S. Mtà Chrma 3.2
| La Signia di Lucca | 3.6
| L'imperatore | S. Mtà Cesarea 2.9
| La Republica di | 3.7
| Il re di Polonia | 3.3 | Il Cardinal di | 3.9
| ...
| ... | Malta | 9.0 | ...
| ...
| | ||||||||||||
Così l'inizio di un messaggio del 1585 citato dal Meister(*): "QUI IN MALTA LE COSE CAMINANO" si cifra in:
$$\dot{6} \ 5 \ 6 \ 1 \ 9.0 \ 8 \ 6 \ 3 \ 1 \ 6 \ 4 \ 7 \ 3 \ 1 \ 6 \ 0 \ 9 \ 5 \ 6 \ 0 \ 6 \ 4$$
L'operazione di decifratura è piuttosto macchinosa; occorre scrivere il testo cifrato e sotto le corrispondenti lettere chiare, cercando poi a vista la combinazione di lettere che dia un testo sensato.
| $\dot{6}$ | $5$ | $6$ | $1$ | $9.0$ | $8$ | $6$ | $3$ | $1$ | $6$ | $4$ | $7$ | $3$ | $1$ | $6$ | $0$ | $9$ | $5$ | $6$ | $0$ | $6$ | $4$ |
| QVI | I | C | MALTA | C | E | C | O | P | E | C | A | M | I | C | A | C | O | ||||
| G | L | L | F | L | D | S | F | L | T | R | G | L | T | L | D | ||||||
| N | N | N | Z | N | N | N |
Osservando la tabella è abbastanza facile ricostruire il testo chiaro "QVI IN MALTA LE COSE CAMINANO". Qui l'operazione è semplificata dal fatto di aver usato lettere visivamente simili come (E,F), (O,D) e dall'aver usato le nulle in corrispondenza degli spazi, di fatto come omofoni dello spazio; così si semplifica l'opera dell'addetto alla decifra, ma anche quella del crittanalista e cioè a costo di una certa perdita di sicurezza.
Il Meister riporta molte altre cifre più o meno simili a questa; qui di seguito ecco una cifra per Monsignor Costa Inquisitore a Malta (1583)(*), che usa nove cifre come polifoni per coppie di lettere e il 4 come nulla, usato anche come cifra dello spazio, e un repertorio del quale vengono mostrati nella tabella qui sotto solo alcune cifre:
| A,B | E,C | I,D | O,F | V,L | N,G | M,P | R,T | S,Z, ET | Nulle | NON | CHE | CHI | QUI | IL PAPA | MALTA |
| 8 | 6 | 9 | 7 | 5 | 0 | 3 | 2 | 1 | $ 4 \cdot 44 \cdot \dot{44} \cdot \dot{4}$ | $ \dot{0}$ | $ \dot{7}$ | $ \dot{5}$ | $ \dot{9}$ | $2 \cdot 7$ | $6 \cdot 6$ |
Così l'inizio del messaggio del 1583 citato come esempio dal Meister(*): "SONO ARIVATO QUI IN MALTA" si cifra in:
$1 \ 7 \ 0 \ 7 \ 4 \ 8 \ 2 \ 9 \ 5 \ 8 \ 2 \ 7 \ 4 \ 4 \ \dot{9} \ 9 \ 0 \ 6 \cdot 6 $
Anche qui la nulla $4$ viene usata al posto dello spazio.