A livello di crittografia professionale la cifratura per polifoni è rara ma il Meister ne cita diversi esempi nel suo libro sulle cifre pontificie; quella che segue è tratta in realtà dal trattato sulle cifre di Matteo Argenti, che la attribuisce a Giovan Battista Argenti, suo zio.
La seguente cifra dimandatami da Monsignor Illmo et Revmo Cardinal Savello per dare all'Inquisitore che va a Malta in loco di Monsignor Costa quale torna. Data die 5. Novembris 1585, prevede anche l'uso di nulle e di un repertorio, come da tabella seguente (incompleta, del repertorio sono dati solo i primi termini):
| a t | e f | i g | o d | u b | c l n | m r | p s z | nulle |
| 0 | 3 | 5 | 4 | 2 | 6 | 9 | 7 | 1 8 |
| qua | que | qui | quo | che | chi | non | quando | perché per & |
| $\dot{7}$ | $\dot{9}$ | $\dot{6}$ | $\dot{2}$ | $ \dot{4}$ | $ \dot{5}$ | $ \dot{3}$ | $ \dot{0}$ | Ҹ |
| Il Papa Nostro Sigre Sua Santità | 2.7 | Il Re di Spagnia Sua Mtà Cathca 3.0 | Il Duca di Venetia | 3.4
| La Signia di Genoua | 3.5
| Il Re Francia | S. Mtà Chrma 3.2
| La Signia di Lucca | 3.6
| L'imperatore | S. Mtà Cesarea 2.9
| La Republica di | 3.7
| Il re di Polonia | 3.3 | Il Cardinal di | 3.9
| ...
| ... | Malta | 9.0 | ...
| ...
| | ||||||||||||
Così l'inizio di un messaggio del 1585 citato dal Meister(*): "QUI IN MALTA LE COSE CAMINANO" si cifra in:
$$\dot{6} \ 5 \ 6 \ 1 \ 9.0 \ 8 \ 6 \ 3 \ 1 \ 6 \ 4 \ 7 \ 3 \ 1 \ 6 \ 0 \ 9 \ 5 \ 6 \ 0 \ 6 \ 4$$
L'operazione di decifratura è piuttosto macchinosa; occorre scrivere il testo cifrato e sotto le corrispondenti lettere chiare, cercando poi a vista la combinazione di lettere che dia un testo sensato.
| $\dot{6}$ | $5$ | $6$ | $1$ | $9.0$ | $8$ | $6$ | $3$ | $1$ | $6$ | $4$ | $7$ | $3$ | $1$ | $6$ | $0$ | $9$ | $5$ | $6$ | $0$ | $6$ | $4$ |
| QVI | I | C | MALTA | C | E | C | O | P | E | C | A | M | I | C | A | C | O | ||||
| G | L | L | F | L | D | S | F | L | T | R | G | L | T | L | D | ||||||
| N | N | N | Z | N | N | N |
Osservando la tabella è abbastanza facile ricostruire il testo chiaro "QVI IN MALTA LE COSE CAMINANO". Qui l'operazione è semplificata dal fatto di aver usato lettere visivamente simili come (E,F), (O,D) e dall'aver usato le nulle in corrispondenza degli spazi, di fatto come omofoni dello spazio; così si semplifica l'opera dell'addetto alla decifra, ma anche quella del crittanalista e cioè a costo di una certa perdita di sicurezza.
Il Meister riporta molte altre cifre più o meno simili a questa; qui di seguito ecco una cifra per Monsignor Costa Inquisitore a Malta (1583)(*), che usa nove cifre come polifoni per coppie di lettere e il 4 come nulla, usato anche come cifra dello spazio, e un repertorio del quale vengono mostrati nella tabella qui sotto solo alcune cifre:
| A,B | E,C | I,D | O,F | V,L | N,G | M,P | R,T | S,Z, ET | Nulle | NON | CHE | CHI | QUI | IL PAPA | MALTA |
| 8 | 6 | 9 | 7 | 5 | 0 | 3 | 2 | 1 | $ 4 \cdot 44 \cdot \dot{44} \cdot \dot{4}$ | $ \dot{0}$ | $ \dot{7}$ | $ \dot{5}$ | $ \dot{9}$ | $2 \cdot 7$ | $6 \cdot 6$ |
Così l'inizio del messaggio del 1583 citato come esempio dal Meister(*): "SONO ARIVATO QUI IN MALTA" si cifra in:
$1 \ 7 \ 0 \ 7 \ 4 \ 8 \ 2 \ 9 \ 5 \ 8 \ 2 \ 7 \ 4 \ 4 \ \dot{9} \ 9 \ 0 \ 6 \cdot 6 $
Anche qui la nulla $4$ viene usata al posto dello spazio.
Qui in Malta le cose caminano felicemente, vi trovo molta divotione et obedienza, et spero che ogni cosa sia per passare felicemente. non mancarò usare ogni diligenza, et di tuto daro minuto aviso per ogni corriere che vera a Roma. II Turco teme molto.
Sono arivato qui in Malta ali oto di Novembre dove son stato ricevuto dal Gran Mastro et da tutti con molta acoglienza con le prime darò aviso dele cose di qua a V. S. Illma et non mancaro di usare ogni diligentia perche Nostro Signore venga servito et V.S. Illma.