In un cifrario monoalfabetico semplice la corrispondenza tra i segni del testo chiaro (lettere dell'alfabeto ed eventualmente segni di interpunzione, parentesi, spazi, cifre ...) e quelli del testo cifrato è 1:1, in altri termini ad ogni segno chiaro corrisponde uno e un solo segno del cifrato e viceversa; in tal modo sia l'operazione di cifratura sia quella di decifratura sono univoche.
Se si viene meno alla natura univoca della cifratura, se cioè si ammette che ad un segno chiaro possano corrispondere diversi segni cifrati si ha quella che si chiama cifratura per omofoni. Usando il linguaggio matematico la funzione di cifratura non è univoca. Il metodo è l'inverso di quello della cifratura per polifoni.
Se opportunamente calibrata la tecnica degli omofoni rende molto più difficile la crittanalisi statistica di un cifrato monoalfabetico, senza complicare in alcun modo l'operazione di decifratura.
Per esempio in un testo cifrato per semplice sostituzione monoalfabetica il crittanalista può facilmente riconoscere i caratteri più frequenti: in alcune lingue poi (p.es. francese) la E ha una frequenza talmente elevata da essere individuabile a prima vista.
Per aumentare la sicurezza è allora una buona idea quella di cifrare le lettere più frequenti con più omofoni, da alternare in modo casuale e con frequenze simili; in questo modo viene appiattita la distribuzione statistica delle frequenze dei caratteri, rendendo difficile la vita al crittanalista.
Nella cifra Pollux che usa l'alfabeto Morse e fa quindi uso di soli tre simboli (punto, linea, spazio) l'uso degli omofoni è imperativo; un cifrato con soli tre simboli sarebbe facilissimo da forzare.
L'uso degli omofoni fa sì che l'operazione di cifratura non sia più univoca (in linguaggio matematico, la cifratura non è più una funzione), mentre (a meno di non usare anche i polifoni) resta univoca la decifratura.
Questo fatto rende particolarmente delicato il ruolo dell'operatore alla cifratura che dovrà essere ben addestrato nel distribuire gli omofoni in modo ben calibrato; un uso infelice degli omofoni può infatti vanificarne i vantaggi in termini di sicurezza.